复次曼殊室利，东方去此过十殑伽河沙佛土，有世界名净琉璃①。佛号药师琉璃光如来、应、正等觉。曼殊室利，彼佛世尊从初发心行菩萨道时，发十二大愿。云何十二？
　　〖注解〗
　　①净琉璃：药师如来的净土，那个国土的佛号称琉璃光。净琉璃是依报世界，琉璃光是正报佛名。世界名净琉璃，即常寂光净土，以究竟清净真如为体。药师如来彻底破除无明障碍，证得最清净法界，所以对所证成的境地——国土来说，即名为净琉璃世界；而不离法界，圆满具大智慧，光明遍照，能破一切愚痴暗昧。
　　〖讲述〗
　　释尊告诉曼殊室利，从我们这个世界，向东方去，经过十倍恒河沙那么多的国土，有一个佛国世界，名叫净琉璃，有佛祖名叫药师琉璃光如来、应、正等觉。曼殊室利，那位世尊从前修菩萨道，在因地发过十二大愿。这十二大愿是

：
　　第一大愿：愿我来世得菩提时，自身光明①照无边界，三十二相②八十随好③庄严其身，令诸有情，如我无异。
　　〖注解〗
　　①自身光明：药师说他将来成佛时，要身放光明，照遍一切世界。佛的慈光是随时随地照耀着，充满着，只是众生因无明烦恼的障蔽，常在光中而不见光。修学佛法若能精勤进修，除去烦恼的尘垢，必能沐浴于佛的慈光中。
　　②三十二相：是为印度公认的大人相，特别为男子的胜相，如佛足底的平满相，千辐轮相，佛身的紫金色相，垂手过膝相，顶髻相等。这些相，依印度当时的相法，为最高贵最庄严的福德相。轮王或如来，才完满的具足。
　　③八十随好：是随身体的某部形态，所有某种美的特徵，如佛手柔软，毛发光泽，面容丰满等。佛法本不著相，但为了导引众生，令众生喜欢生信，所以药师如来因地中，要发愿具足这种福德庄严相。药师佛的本愿，不但希望自己身相光明，众好具足，同时还希望，令所有一切有情皆如自己一样，平平等等，无有差异。
　　〖讲述〗
　　第一大愿：愿我来世证得无上菩提时，自身能放射大光明，炽然照耀无量无数无边世界，以三十二相，八十随形好，圆满庄严自己的德相。使一切有情众生，皆如自己一样，平等没有差异。
　　依照这第一大愿的大意，可以从两方面说：
　　⒈从净琉璃世界的生佛平等说：生于东方净土，身相圆满，与佛无异。但不能说一切有情皆如此，因为现实的众生界，并不曾真的如此平等。
　　⒉从一切众生佛性说：一切众生性，本都是光明遍照，具三十二大丈夫相，八十随形好的。只因为众生为无明所覆，不曾开显，所以隐而不现。这要到成佛，方能如实证知。故《华严经》说：‘奇哉！奇哉！一切众生皆有如来智慧德相，但因妄想执著，未能证得。’在佛的心境，照见一切众生，确是平等不二的。从这个意义说，佛证得无上正等觉时，大地众生无不是佛，众生与佛原为平等。但从众生边看，众生苦恼，愚痴暗昧，于一切诸法实相，从来不知不见，痛苦流转，何能与佛平等？因此，有人说我们是凡夫，不要妄自尊大；尽管生佛平等，而我们还是众生。有人说：我们要深信自己是佛，如禅宗要人直下承当自心是佛；密宗要人起佛慢，说即身成佛。这些话，可说都有一分道理。我们是凡夫，所以要修行办道；因为有成佛的可能性，所以可修行成佛。

　　第二大愿：愿我来世得菩提时，身如琉璃①，内外清彻，光明广大遍满诸方，焰网庄严过于日月，铁围中间，幽冥②之处互得相见。或于此界暗夜游行，斯等众生见我光明，悉蒙开晓，随作众事。
　　〖注解〗
　　①身如琉璃：药师如来，彻底揭去无明暗影，刷除烦恼污泥，本身佛性毕竟显发，故说身如琉璃。
　　②焰网：即光光相辉映结成网络，而此琉璃光身，即善安住于由光线所组成的光明夺目的焰网之中。
　　③幽冥：即三恶道无真理光之处。
　　〖讲述〗
　　此文与第一大愿的意义有关而用意不同。上愿重于佛的法性身，显示生佛平等。此愿重在从法性而起应化身，开晓众生。
　　药师如来，所发的第二大愿是说：愿我来世，究竟证得大菩提时，身相犹如琉璃宝，内外都极明亮清彻，光明广大遍满各方。佛身的光明炽盛，光光相照，形成一种庄严的焰网，胜过于世间的日月之光。
　　药师如来的身光，照及幽冥的苦恼众生，众生得到佛光的照耀，就得到开晓，就可随自己的意趣，做他所乐意做的种种事业。

　　第三大愿：愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便①，令诸有情，所受用物②，皆得无尽。
　　〖注解〗
　　①方便：随方因便，以利导人。
　　②受用物：人们衣、食、住、行上种种需要受用的物质。
　　〖讲述〗
　　第三大愿：愿我来世证得大菩提时，以无量无边的智慧方便，生产多量的受用物质，使一切有情众生，凡有所需求的，皆能够受用无尽。
　　修学大乘菩萨行，凡有利众生的学问技能，都要学，智慧一天天求增长，到了成佛，一切功德妙法，始能圆满具备，取之不竭，用之不尽。所以大乘佛法，并不反对科学物质的发达增产。现代世界科学昌明，有人埋怨它是罪恶的渊薮，其实祸患在于人类不善于运用他，这里引出严重的弊害。人类若增进德性的修养，爱人爱群，善于控制，善于运用，那么科学对于人生，将是有莫大利益的，所以菩萨对于种种有利于民生的知识和技巧，不独不厌弃，而且还应该学，应该会：这样才能解除众生因物质贫乏而带来的苦痛与罪恶。药师如来的第三大愿，特别著重这方面。

　　第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉令游履菩提正路；若行声闻、独觉乘者，亦令安住大乘法中。
　　〖讲述〗
　　第四大愿：愿我来世证得大菩提时，若有不信善恶因果，作杀盗淫妄种种罪恶，不幸失去正途而误入邪道者，都要使他们的心志能永远安住于菩提正路中。此外，若有行声闻、独觉的小乘行者，都要以大乘究竟法门令他们安住，得以永不退转。
　　《法华经》说：‘佛以一大事因缘出现于世。’这一大事因缘，即是使一切众生，尽皆悟入佛之知见。但众生根性千差万殊，好乐不一，事实上不能立即教一切众生都入佛之知见，所以世尊一面以此最高目的为原则，同时随机教化，见行于邪道的众生，即教以三乘法门；见声闻、独觉停滞在自利的化域，即教以大乘究竟法门，叫他们再向前走，直至般涅槃。第四大愿，包括了回邪向正、回小向大。经文中所说的安住，有令他永远不退转的意义。如凡夫确生出离心，向二乘圣道修行，即不再退回凡夫；大乘确发自利利他的广大菩提心，永向佛果而不再退心成为小乘或凡夫。

　　第五大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情于我法①中修行梵行②，一切皆令得不缺戒③，善防三业，无有毁犯堕恶趣者。设有毁犯，闻我名已，专念受持，至心发露，还得清净，乃至菩提。
　　〖注解〗
　　①法：法者梵语‘达磨’，为通于一切之语，无论大小，有形无形，真实虚妄，事物道理皆悉为法。
　　②梵行：从一般意义说，指一切清净行（梵是清净的意思）。从特殊意义说，专指出家的不淫戒。约中义说，凡佛所制的戒行名为梵行。
　　③不缺戒：不缺即能圆满受持；戒者，防非止恶的意思，不但恶事不可做，即使是心怀恶的念头也不可以。不缺戒，即所有的戒律全部能够严格受持。
　　〖讲述〗
　　前四原，依药师如来的自证功德，利乐众生；此下，因众生有了缺陷、苦痛，需要援助救济。上述是与乐，此下是拔苦。药师如来对苦难众生的悲济，以及消灾免难，将由这第五大愿起，逐一显示出来。
　　这第五大愿说：将来得菩提时，若有诸多的有情众生，于我药师佛的正法中，修行清净的行为，我要成就他们都能圆满受持戒律。佛法中受戒，先是未受令受，已受的令守。受了戒以后，也有不少人不能清净严持。犯了戒，要知道忏悔。如有所犯而不知忏悔，即难得清净。所以药师如来本愿，更进一步地说：设有众生毁犯了禁戒，但由于听闻了我佛的名字，并且一心一意的持佛圣号，对过往错失，至诚发露忏悔，礼拜，供养，时时摄心于佛号佛德上，久而久之，罪业自然消除，内心感受佛的光明，恢复了本来的德行清净，乃至菩提。

　　第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情诸根不具①，丑陋顽愚②聋盲喑哑、挛躄背偻③、白癞癫狂④，种种病苦之所缠逼，若闻我名至心称念，皆得端严，众病除愈。
　　〖注解〗
　　①诸根不具：我们的身体为六根所组合而成。六根是眼、耳、鼻、舌、身、意。诸根不具，即指有外表的欠缺，如眼耳损坏，或手足残缺；有内在的，从外表看来，身体各部虽然完全无缺，但耳舌等失其功用，或智能不足等，均属此种。
　　②顽愚：意根的不懂事理，心性鲁钝。
　　③挛躄背偻：挛是瘸手，躄是跛足，背偻即驼背。
　　④白癞癫狂：白癞是大麻疯，癫狂即神经反常。
　　〖讲述〗
　　药师如来的第六大愿说：愿我将来成大菩提时，如诸多有情众生的身体有种种畸形、五官有所欠缺残废，外表丑陋，内心鲁钝，不懂事理，眼瞎耳聋、声音嘶哑不能说话，两手挛曲，两足跛行或有驼背，患了大麻疯或神经反常，为这些病痛所缠身，若听了我药师如来的名号，一心称念，或礼拜供养，蒙药师如来功德威力的加被，皆可得到救治，令身相丑陋的转为端正，诸根缺损的，也都完备起来，各种病苦得以去除而获痊愈。
　　药师如来发此大愿，众生如有善根，有因缘，能依药师法门的开导去实行，不独身体有疾病、有残缺的众生，可因闻名号而得到彻底救治，即心理不健全的各种病患，也可因佛而好转过来，以获身心端严的理想人生。

　　第七大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，贫穷困苦，无有归趣①，众病所逼，无药无医，暂闻我名，众病消散，眷属增盛，资财无乏，身心安乐，乃至菩提。
　　〖注解〗
　　①无有归趣：无所归托的意思。
　　〖讲述〗
　　第七大愿：愿我将来成佛的时候，若有诸多的有情众生，处境贫穷困苦，没有归托，受到多种病的逼迫，又无医无药，这时如称念药师如来的名号，众多病苦便可消除。亲属朋友逐渐增多，资生之具，全部具足，身心安乐，直到证得佛果。过去由于因缘不足福德薄弱，所以贫穷孤苦。以后，以善根福德增长，身心恢复健康，由于从事事业的努力，便能把家庭建立起来；亲属朋友，也由于人缘的转好而逐渐增多。佛陀的慈悲虽极普遍，但对于孤苦贫病的众生，特别关怀，特别护念和救济。所以世尊在世时，特别提倡施医施药，救济孤独。凡身为佛子，修学佛法，须体念释迦的精神，效法药师的本愿，随分随力去做。

　　第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人，为女众苦之所逼切，极生厌离，愿舍女身，若闻我名，至心称念，即于现身，转成男子，具丈夫相，乃至菩提。
　　〖讲述〗
　　药师如来的第八大愿，是说若有女人，为女身的众多苦恼所逼迫，而极其痛切，产生了厌离心，愿意舍弃女身，若能闻我药师如来的名号，一心称念，礼敬供养就可以转女成男，具足大丈夫相，直到证得无上菩提。
　　在大乘佛法中，男女本来是平等的。不过，由于社会诸种因素，尚难完全做到男女平等。女人在生理上的苦患，如生育之苦，男子是没有的；女人心理上的苦恼，如嫉妒心、虚荣心也比男子为重；女人的性恪，也有心胸狭窄之处。经说：‘学大乘法，修菩萨行，要有大丈夫的精神方得。’因此，这里讲女身转男，不是鄙视、歧视妇女，而是从关心妇女、为妇女解除苦恼立言，应当体会佛陀对于亿万妇女特别慈悲的苦心。

　　第九大愿：愿我来世得菩提时，令诸有情出魔罥网①；复有种种邪见之徒，皆当摄受，令生正见，渐令修习诸菩萨行，乃至菩提。
　　〖注解〗
　　①罥网：捉兽的叫罥，捕鱼的叫网。若迷信魔外邪说，就像鱼兽被罥网罩住了一样，不易解脱出来。
　　②正见：正确的见解，有了正见，对于事物才会有正确的认识，就能破除谬妄偏差的俗知俗见，悟入正道。
　　〖讲述〗
　　第九大愿：将来我成佛的时候，要使诸多有情众生，都能出离恶魔的罥网。如有众生受了种种邪见的缠缚，药师佛也要用各种善巧方便，导引摄受，使之能安置于佛法的正见之中，渐令修习四摄六度等诸菩萨行，从而能证得无上正等菩提。
　　此愿是佛令众生，从魔及外道的黑暗中，奔向光明的正法。

　　第十大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，王法所拘①，幽禁牢狱，枷锁鞭挞，乃至极刑；复有众多苦楚之事逼切忧恼，无暂乐时，若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦，乃至菩提。
　　〖注解〗
　　①王法所拘：国家法律称为王法，拘是指受国家法律的制裁。
　　〖讲述〗
　　第十大愿：是药师如来在因地中，发大慈悲之愿，济拔犯法受禁的众生。他说：若诸有情，因犯罪或受枉而为王法所拘，被幽禁于牢狱，带上枷锁受到鞭打乃至于极刑，身心感到众多的苦楚，逼切忧恼没有一时一刻的安乐。悲心深切的药师如来，愍念到众生的苦痛，所以说：受这些刑罚灾难的有情，若听到我药师如来的名号，由于我的圆满福德力，与广大威神力加被他们的缘故，便能得以脱难，解除一切忧苦，直到证得正等正觉。

　　第十一大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情饥火所恼，为求食故造诸恶业，若闻我名至心称念，我当先以上妙饮食随意饱满，后以法味令住胜乐，乃至菩提。
　　〖注解〗
　　①法味：妙法的滋味，即用心咀嚼妙法，领会而心生欢喜。
　　〖讲述〗
　　第十一大愿说：将来我成佛时，若诸有情生活困难，为饥渴所逼迫苦恼，为了求食的缘故，不择手段而造下了重大的诸恶业。对于这种为环境所迫，贫穷得实在没得吃，没得穿，就需要从经济方面加以解决，药师如来因此发大愿，对于那些无衣无食的众生，若得闻我的名字，依照佛的开示，专心称念，信受奉持，那么我当先以上妙的饮食饱足其身，然后进一步，以无上的佛妙法，使他们用心领会，安住于无限的胜情欢乐之中，乃至成就无上菩提，也即是得到究竟解脱乐。也就是说：饮食只能作暂时的救济，不是解决问题的根本办法。如先以饮食饱其口腹，进而教以人生正行，知识技能，使之从事职业，这就相对地解决了。再进一步，令其修学佛法，在佛法丰富的宝藏中，得世间希有的无上法乐，那才是究竟的救世济人。

　　第十二大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情身无衣服，蚊虻①寒热之所逼恼，若闻我名至心称念，随其所好即得种种上妙衣服，宝庄严具②伎乐、香华皆令满足，离诸苦恼，乃至菩提。
　　〖注解〗
　　①虻：昆虫名，形似蝇，种类很多，喜食人畜的血液。
　　②宝庄严具：以首饰、宝石等修饰身体的珠宝具足。
　　③伎乐：娱乐所用的器具。
　　〖讲述〗
　　第十二大愿，希望将来成佛时，若诸多的有情众生，有的因为贫穷，没有衣服穿，也没有被褥帐子，为蚊虻所苦，冷天无衣御寒，热天也无衣遮体，这样的昼夜逼恼，不胜困苦。若闻我药师如来的名号，专心称念，信受奉持，那么，即能如其内心所好，可以得到种种上等美妙的衣服，亦能得到首饰、宝石等装饰的物品，还有娱乐的用具，花蔓、涂香，皆能得到满足，脱离诸多苦恼，乃至达到菩提。

　　曼殊室利，是为药师琉璃光如来、应、正等觉行菩萨道时所发十二微妙上愿①。
　　〖注解〗
　　①十二微妙上愿：此十二愿，非一般的誓愿可比，纯由大悲心所流露的利他大愿，所以称为微妙上愿。
　　〖讲述〗
　　以上分别说明十二大愿，现在总结。
　　释尊说完了药师如来的十二大愿，又对曼殊室利说：这是药师琉璃光如来、应、正等觉，在因地行菩萨道时所发的十二微妙上愿。
　　从十二大愿的内容看，第一大愿为生佛平等愿；此后，便是思想的正确，行为的合理，生活的丰富；缺陷的加以弥补，病患的予以救治，苦痛的予以安乐。不但著重衣食等物质生活，又注意到教育，健康，正常的娱乐，达到人类的和乐生存。药师如来的十二大愿，对这些启示得最为明白。所以佛法的流行世间确能领受实惠，确能适应现实人生的。修学佛法的人，能依菩萨的精神去躬行实践，即是菩萨。